日本国土基本上处在多雨地带的亚洲季风气候区，近100年的平均降雨量约为1714毫米，相当于世界平均降水量970毫米的两倍。但由于日本国土面积相对较小，人口密度相对较大，所以日本的年人均降水量仅530立方米，为世界平均值2700立方米的1/5，属资源性缺水国家。
100多年前明治维新后，日本明治政府就模仿欧洲先进国家的法律制度，公布实行了《河川法》。从此，日本开始了依法开发利用水资源的历史。日本的水资源开发分为四类：“治水”，就是防治水灾；“利水”，利用江河水资源，其中包括灌溉、城市、工业用水和水力发电、航运等；“保水”，保护水质，防治污染，通过森林保护和流域管理减少洪水流量，增加枯水流量；“亲水”，人们利用水造就自然环境、风景的活动。
日本在水资源保护与环境行政方面有两部法律，即《公害对策基本法》和《自然环境保护法》。1993年11月，《环境保护法》制定出台。1994年12月，内阁会议制定了环境基本计划，提出了长期的、综合性的环境行政路线。环境基本计划确立了“实现以循环为基调的经济社会体制”、“自然与人类的共处”、“参加有关环境保护的行动”、“开展国际性的活动”等长期目标，计划将“保护水环境”放在为了“实现以满足环境容量的循环为基调的经济社会”的措施中。
在日本，只有在河流中的水超过河流正常流量时才可取水。正常流量从航运、渔业、景观、流水的保洁、盐害的防治、河口阻塞的防治、河川管理设施的保护、地下水位的维持、动植物的保护等各方面来规定。为了使环境负荷不超过正常流量，保证自然循环过程中的净化能力，保护水域生态系统，保证水环境的安全，日本政府采取了以下主要措施：
1.制定了一系列环境标准，有关生活环境的有BOD、COD、DO等环境标准。为了防治富营养化，又对湖泊制定了总氮和总磷的环境标准。对含汞底质和含PCB底质，制定了暂行消除标准。“一律标准”（国家规定的排水标准），对锦、氰等24项影响健康项目和16项生活环境项目规定了标准值。在污染源较集中的水域，有些地方还制定了比“一律标准”更严格的标准（追加标准）。
2.对某些特殊区域实施排水总量控制，对于因人口和产业集中的区域以及大范围向封闭性水域（湖泊、内湾、内海）排放大量生活污水或产业污水的地区，引入了排水总量控制制度。建立了无过失赔偿责任制度，事业单位因在生产活动中排放有害物质造成了危害健康的灾害时，应负赔偿责任。
3.加大基础设施（下水道）的建设力度。日本的下水道建设，是根据下水道整备五年计划进行的，第八个下水道整备五年计划的年度为1996年~2000年。项目总投资为25兆日元，主要配合公害防治计划、封闭性水域的总量减少计划以及湖泽水质保护计划的实施，提高水质环境标准，完善中小市、町、村的设施等。2000年底，下水道的普及率达到了70%。在完成下水道建设计划的同时，日本政府还实施了市区的污水净化示范项目。
4.重视对地下水资源的保护。1989年6月，日本再次修改水污染防治法，增加了禁止含有害物质的水渗入地下，并对都道府县首长的日常监测地下水质的费用制定了补助制度。1996年2月，环境审议会又提出了《有关防治地下水水质污染的水质净化对策的办法》，并据此修改水污染防治法。该法于1997年4月1日正式施行。
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